新款生猪育种神器猪55KSNP芯片投入生产

   日期:2017-05-22 18:06:00   来源:中国畜牧兽医报    热度: °c    订阅   ©内容举报

  由中国农业大学动物科技学院刘剑锋教授团队设计研制的新款猪55KSNP芯片已于4月底投入生产。该款芯片是在中外猪种全基因组重测序、多组织转录组和蛋白组图谱构建的基础上,整合现有重要经济功能基因的公开报道的候选位点,并加入72个我国部分地方猪种特有SNP,综合优化研制而成(命名为55KCAU-Porcine)。

  我国作为养猪大国,持续、高效开展生猪遗传改良十分迫切。利用全基因组选择、实现精准群体遗传关联的评估、组织区域性乃至全国联合遗传评估,是加速我国生猪育种效率、自主培育优良品种的有效途径。目前,国内外市场上常用的生猪育种芯片为60KSNP芯片,有6万个位点,但是位点在染色体的分布均匀性不高,约10K位点位置不详。刘剑锋介绍,该团队在多品种测序的基础上,经过大量位点信息的搜集,整合,经过一年多的系统分析,最终设计确定5万多个位点用于新的芯片定制。新研发的芯片主要有三个优点:一是具有经济性状的功能相关性。芯片搜集并确定了10K与猪生长性状、繁殖性状及健康性状等相关的显著位点,实用性更高;二是位点分布均匀,多态性好。芯片的位点在全基因组分布均匀,提高了捕捉基因组潜在功能变异的功效,而且在筛选位点时使用该团队的重测序数据,保证了所选位点有较高的多态性;三是具有特异性。

  不仅对比筛选我国代表性的地方猪种、国内外高度选育商用猪种的特征位点,还特别加入了72个国内部分地方特有的SNP位点。

  据悉,这款55KSNP芯片的开发,不仅适用于我国猪的育种、品种鉴定、地方品种资源的评价、功能基因鉴定等研究,同时维持了低成本的芯片检测成本,预计出售价格约为主流60KSNP芯片的一半,应用前景广阔。目前该团队将全面开展芯片的应用效果评估,同时与深圳市金新农科技股份有限公司合作开发猪基因组选择的联合评估系统,并在6家生猪国家核心育种场实施基于基因组选择策略的区域性联合育种。

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